В доме интеллигента-народника Ивана Акимовича Самгина родился сын, которому отец решил дать «необычное», мужицкое имя Клим. Оно сразу выделило мальчика среди других детей его круга: дочери доктора Сомова Любы; детей квартиранта Варавки Варвары, Лидии и Бориса; Игоря Туробоева (вместе с Борисом учится в московской военной школе); Ивана Дронова (сирота, приживальщик в доме Самгиных); Константина Макарова и Алины Телепневой (товарищи по гимназии). Между ними складываются сложные отношения, отчасти потому, что Клим старается отличиться, что не всегда удается. Первый учитель — Томилин. Соперничество с Борисом. Неожиданная гибель Бориса и Варвары, провалившихся под лед во время катания на коньках. Голос из толпы: «Да был ли мальчик-то, может, мальчика-то и не было?» — как первый «ключевой» мотив повести, как бы выражающий ирреальность происходящего.

Учеба в гимназии. Эротические томления Самгина. Швейка Рита тайно подкуплена матерью Клима для «безопасной» сексуальной жизни юноши. Она влюблена в Дронова; Самгин узнает об этом и о поступке матери и разочаровывается в женщинах. Любовь Макарова к Лидии; неудачная попытка самоубийства. Клим спасает его, но потом жалеет об этом, ибо сам втайне симпатизирует Лидии и чувствует, что бледно выглядит на фоне своего друга.

Петербург, студенчество. Новый круг общения Самгина, где он опять-таки старается занять особое место, подвергая «про себя» все и всех критическому анализу и получив прозвище «умник». Старший брат Дмитрий (студент, включившийся в революционную борьбу), Марина Премирова, Серафима Нехаева (влюбленная во все «декадентское»), Кутузов (активный революционер, будущий большевик, своими чертами напоминающий Ленина), Елизавета Спивак с больным мужем-музыкантом, Владимир Лютов (студент из купеческого рода) и другие. Любовь Лютова к Алине Телепневой, выросшей в красивую и капризную женщину. Ее согласие быть женой Лютова и последующий отказ, ибо она влюбляется в Туробоева (тема своеобразного соперничества «бедного аристократа» Туробоева и «богатого мужика» Лютова).

Жизнь на даче. Символическая сцена ловли сома на горшок с горячей кашей (сом проглотит горшок, он лопнет, сом всплывет) — надувательство «господ» мужиком, который тем не менее восхищает Лютова как выразитель загадочной талантливости русского народа. Споры о славянофилах и западниках, России и Западе. Лютов — русский анархист. Клим старается занять особую позицию, но в результате не занимает никакой. Его неудачная попытка объясниться в любви Лидии, Отказ. Подъем колоколов на деревенскую церковь. Гибель молодого крестьянина (веревка захлестнула за горло). Вторая «ключевая» фраза повести, произнесенная деревенской девочкой: «Да что вы озорничаете?» — как бы обращенная к «господам» вообще. Не зная народа, они пытаются решать его судьбу.

Москва. Новые люди, которых пытается понять Самгин: Семион Диомидов, Варвара Антипова, Петр Маракуев, дядя Хрисанф — круг московской интеллигенции, отличающейся от петербургской подчеркнутой «русскостью». Пьянка на квартире Лютова. Дьякон-расстрига Егор Ипатьевский читает собственные стихи о Христе, Ваське и «неразменном рублике». Суть в том, что русский человек и ненавистью служит Христу. Вопль Лютова: «Гениально!» Самгин опять-таки не находит места в этой среде. Приезд молодого Николая I и трагедия на Ходынском поле, где во время праздника коронации были задавлены сотни людей. Взгляд Самгина на толпу, которая напоминает «икру». Ничтожность личной воли в эпоху всплеска массового психоза.

Окончательный разрыв Самгина с Лидией; ее отъезд в Париж Клим отправляется на Нижегородскую промышленную выставку и знакомится с провинциальной журналистской средой. Иноков — яркий газетчик и своеобразный поэт (вероятный прототип сам Горький). Приезд в Нижний царя, похожего на «Бальзаминова, одетого офицером...».

Сашин и газета. Дронов, Иноков, супруги Спиваки. Встреча с Томилиным, проповедующим, что «путь к истинной вере лежит через пустыню неверия» (ницшевская мысль, близкая Самгину). Провинциальный историк Козлов — охранитель и монархист, отрицающий революцию, в том числе и революцию духа. Встреча с Кутузовым, «возмутительно самоуверенным» и оттого похожим на своего антипода — Козлова. Кутузов о «революционерах от скуки», к которым относит всю интеллигенцию. Падение строящейся казармы как символ «прогнившего» строя. Параллельная сцена пиршества «отцов города» в ресторане. Обыск в квартире Самгина. Беседа с жандармским ротмистром Поповым, который впервые дает Самгину понять, что революционером он никогда не станет.

Москва. Прейс и Тагильский — верхушка либеральной интеллигенции (возможные прототипы — «веховцы»). Приезд Кутузова (каждое его появление напоминает Самгину, что подлинная революция готовится где-то в стороне, а он и его окружение не принимают в ней участия). Рассуждения Макарова о философии Н. Ф. Федорова и о роли женщины в истории.

Смерть отца Самгина в Выборге. Встреча с братом. Арест Самгина и Сомовой. Допрос в полиции и предложение стать осведомителем. Отказ Самгина; странная неуверенность, что поступил правильно. Любовная связь с Варварой Антиповой; аборт.

Слова старой прислуги Анфимьевны (выражающей народное мнение) о молодых: «Чужого бога дети». Поездка Самгина в Астрахань и Грузию).

Москва, студенческие волнения возле Манежа. Самгин в толпе и его страх перед ней. Выручает Митрофанов — агент полиции. Поездка в деревню; сцена крестьянских грабежей. Страх Самгина перед мужиками. Новые волнения в Москве. Аюбовная связь с Никоновой (окажется полицейским осведомителем). Поездка в Старую Руссу;

взгляд на царя через спущенные шторы вагона.

9 января 1905 г. в Петербурге. Сцены Кровавого воскресенья. Гапон и вывод о нем: «ничтожен поп». Самгин в тюрьме по подозрению в революционной деятельности. Похороны Баумана и всплески «черносотенной» психологии.

Москва, революция 1905 г. Сомова пытается организовать санитарные пункты для помощи раненым. Мысли Самгина о революци и и Кутузове: «И прав!.. Пускай вспыхнут страсти, пусть все полетит к черту, все эти домики, квартирки, начиненные заботниками о народе, начетчиками, критиками, аналитиками...» Тем не менее он понимает, что такая революция отменит и его, Самгина. Смерть Туробоева. Мысли Макарова о большевиках: «Так вот, Самгин, мой вопрос: я не хочу гражданской войны, но помогал и, кажется, буду помогать людям, которые ее начинают. Тут у меня что-то... неладно» — признание духовного кризиса интеллигенции. Похороны Туробоева, Толпа черносотенцев и вор Сашка Судаков, который выручает Самгина, Алину Телепневу, Макарова и Лютова.

Баррикады. Самгин и боевые отряды. Товарищ Яков — предводитель революционной толпы. Казнь на глазах Самгина сыщика Митрофанова. Смерть Анфимьевны. Самгин понимает, что события развиваются помимо его воли, а он их невольный заложник.

Поездка в Русьгород по просьбе Кутузова за деньгами для большевиков. Разговор в поезде с пьяным поручиком, который рассказывает, как страшно стрелять в народ по приказу. Знакомство с Мариной Зотовой — богатой женщиной с «народным» образом мысли. Ее рассуждения о том, что интеллигенция никогда не знала народ, что корни народной веры уходят в раскол и еретичество и это является скрытой, но истинной движущей силой революции. Кошмар «двойничества», преследующий Самгина и выражающий начало распада его личности. Убийство губернатора на глазах Самгина. Встреча с Лидией, приехавшей из-за границы, окончательное разочарование Самгина в ней. Философия Валентина Безбедова, знакомого Марины, отрицающего всякий смысл в истории. Девиз «не хочу» — третий «ключевой» мотив повести, выражающий неприятие Самгиным всего мироздания, в котором ему как бы нет места. Марина и старец Захарий — тип «народного» религиозного деятеля. Религиозные «радения» у Марины, которые подсматривает Самгин и которые окончательно убеждают его в своей оторванности от народной стихии.

Отъезд за границу.

Берлин, скука. Картины Босха в галерее, которые неожиданно совпадают с миропониманием Самгина (раздробленность мироздания, отсутствие ясного образа человека). Встреча с матерью в Швейцарии;

взаимное непонимание. Самгин остается в круглом одиночестве. Самоубийство Лютова в Женеве; слова Алины Телепневой: «Удрал Володя...»

Париж. Встреча с Мариной Зотовой. Попов и Бердников, которые пытаются подкупить Самгина, чтобы он был их тайным агентом при Зотовой и сообщал о ее возможной сделке с англичанами. Резкий отказ Самгина.

Возвращение в Россию. Убийство Марины Зотовой. Загадочные обстоятельства, с ним связанные. Подозрение падает на Безбедова, который все отрицает и странным образом погибает в тюрьме до начала суда.

Москва. Смерть Варвары. Слова Кутузова о Ленине как единственном истинном революционере, который видит сквозь будущее. Самгин и Дронов. Попытка организации новой газеты либерально-независимого толка. Разговоры вокруг сборника «Вехи»; мысли Самгина: «Конечно, эта смелая книга вызовет шум. Удар колокола среди ночи. Социалисты будут яростно возражать. И не одни социалисты. «Свист и звон со всех сторон». На поверхности жизни вздуется еще десяток пузырей». Смерть Толстого. Слова служанки Агафьи: «Лев-то Николаич скончался... Слышите, как у всех в доме двери хлопают? Будто испугались люди-то».

Мысли Самгина о Фаусте и Дон Кихоте как продолжение мыслей Ивана Тургенева в эссе «Гамлет и Дон-Кихот». Самгин выдвигает принцип не деятельного идеализма, а разумной деятельности.

Начало мировой войны как символ краха коллективного разума. Поездка Самгина на фронт в Боровичи. Знакомство с подпоручиком Петровым, символизирующим разложение боевого офицерства. Нелепое убийство Тагильского разозленным офицером. Кошмары войны.

Возвращение с фронта. Вечер у Леонида Андреева. Его слова: «Люди почувствуют себя братьями только тогда, когда поймут трагизм своего бытия в космосе, почувствуют ужас одиночества своего во вселенной, соприкоснутся прутьям железной клетки неразрешимых тайн жизни, жизни, из которой один есть выход — в смерть», — которые словно подводят черту под духовными поисками Самгина.

Февральская революция 1917 г. Родзянко и Керенский. Незавершенный финал. Неясность дальнейшей судьбы Самгина...